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脊索動物門的主要特征是脊索、背神經(jīng)管、咽鰓裂。

1、脊索：介于消化道和背神經(jīng)管之間，起支持體軸作用的一條棒狀結構。內(nèi)部由泡狀細胞構成，外圍以結締組織鞘，堅韌而有彈性。低等脊索動物脊索終生存在或僅見于幼體時期。高等脊索動物只在胚胎期出現(xiàn)，發(fā)育完全時被分節(jié)的骨質(zhì)脊柱取代。

2、背神經(jīng)管：位于脊索動物脊索背面的中空管狀的中樞神經(jīng)系統(tǒng)。由胚體背中部的外胚層下陷卷褶形成。脊椎動物的神經(jīng)管前、后分化為腦和脊髓。

3、咽鰓裂：低等脊索動物在消化道前端的咽部兩側(cè)有一系列左右成對排列、數(shù)目不等的裂孔，直接開口于體表或以一個共同的開口間接的與外界相通，即咽鰓裂。原索動物和原始水棲脊椎動物終生存在并附生布滿血管的鰓，作為呼吸器官，陸棲或次生水棲脊椎動物僅在胚胎期或幼體期出現(xiàn)。