1、犯罪客觀方面不同
（1）劫持船只、汽車(chē)罪的行為人通常采取暴力、脅迫或者其他方法劫持船只、汽車(chē)，且一般是在船只、汽車(chē)內(nèi)公然實(shí)施的。
（2）破壞交通工具罪的行為人通常是采取盜竊、爆炸等手段破壞船只、汽車(chē)等交通工具，一般容易導(dǎo)致船只、汽車(chē)等交通工具的傾覆或者毀壞，且多是秘密實(shí)施的。
2、犯罪對(duì)象不同
（1）劫持船只、汽車(chē)罪的犯罪對(duì)象僅限于船只、汽車(chē)。
（2）破壞交通工具罪的犯罪對(duì)象則不限于船只、汽車(chē)，還包括火車(chē)、航空器等。
3、犯罪主觀方面不同
（1）劫持船只、汽車(chē)罪的行為人也可能對(duì)船只、汽車(chē)進(jìn)行破壞，但其犯罪目的不是為了使船只、汽車(chē)發(fā)生傾覆或毀壞危險(xiǎn)，而是為了劫奪和控制船只、汽車(chē)。
（2）破壞交通工具罪的行為人是通過(guò)破壞船只、汽車(chē)等交通工具而使船只、汽車(chē)等交通工具傾覆或毀壞。
