在司法實踐中，一般會具體分析陰陽合同的標的額或者所涉及的財產利益，不同情況有不同的處理方式，一般法院會按以下兩種辦法處理：
1、根據(jù)規(guī)定，合同需要備案的，以備案的合同為準，這是一般原則;但是如果備案的合同沒有實際履行，而實際履行的合同中有違法利益，則價格以實際履行的合同為準，其余按照備案的合同約定，備案合同未約定的，而陰合同又有相關內容的按陰合同的約定執(zhí)行。
2、如果簽訂的兩份合同，按照規(guī)定，既不需要批準，也無須備案，則以實際履行的合同為準。有的法院判例則以時間在后的合同價為準。除非有證據(jù)證明前一份合同價是為規(guī)避納稅及騙取貸款等原因而簽訂的虛假價格。但是要特別注意是，這個舉證責任是由提出異議方來承擔的，也就是說，誰認為前一份合同是虛假的，誰就應當承擔這個舉證責任。
